Ekzom Analizi: Whole Exome Sequencing (WES)

Ekzom Analizi

İnsan genomunun içindeki tüm ekzonlara EKZOM denir. EKZOM, protein sentezinde aktif olarak kullanılan bir genomdaki tüm genetik bölgeleri içerir. İnsan genomunu bir milyon sayfalık bir kitap olarak görürsek, ekzom bu kitabın yaklaşık 10.000 sayfasını (yaklaşık % 1) oluşturur.

Tüm Ekzom Analizi (WES), tek gen hastalıklarının teşhisinde en yaygın kullanılan yöntemlerden biridir. Bunun temel nedeni, hastalıklara neden olan nükleotid değişikliklerinin yaklaşık % 85’inin ekzonların içinde bulunmasıdır. Tüm ekzom sekans analizinde, yaklaşık 21.000 gen ve 200.000 ekzon sekanslanır ve analiz edilir. Bu yöntemin saysesinde, hastalıkların teşhisinde % 85 oranında başarı sağlanmaktadır.

Birçok hasta için semptomların kombinasyonu ve farklılığı, altta yatan spesifik genetik nedenin tanımlanabilmesi için yeterince belirli olmayabilir. Hangi genlere bakılacağı anlaşılamayabilir ve tek gen dizi analizi ve/veya Tek Nükleotid Poliformizmi (SNP) gibi metodlar hastalığın tanısının konmasında yeterli olmayabilir. Bu nedenle WES, klinik spektrumu çok çeşitli hastalarda ve hastalığın teşhisinin tüm kodlanan bölgelerin sekanlanması ile yanıt alınabileceği durumlarda uygun bir ilk test metodu olabilir.

WES başarısında klinik bilgiler çok önemlidir. Ne kadar ayrıntılı bir klinik bilgi verilir ise, binlerce gen arasında ilgili gen mutasyonunu bulmak daha kolay olmaktadır. Bunun için çok ayrıntılı veri tabanı da gerekmektedir.

WES, bir şehirde adres aramaya benzemektedir. Hazırlanan klinik bilgiler adres aramada navigasyon görevi yapar, ayrıntılı veri tabanı ve kütüphane de aracımız olmaktadır. Aracımız ne kadar son model ve navigasyonumuzda kaliteli ve ayrıntılı olur ise, şehire girdiğimizde tüm mahalle  cadde ve sokaklarda aradığımız ev adresini daha kolay ve kısa zamanda bulmuş oluruz.

WES yönteminde sadece, bilinen genlerdeki mutasyonlara bakılır, yani numaralandırılmış ev adresi aranır. Delesyon dediğimiz yıkık dökük evler veya duplikasyon dediğimiz kaçak katlı evlere ve CNV (Copy Number Variation) dediğimiz çıkmaz sokaklara bakılmaz. Bu nedenle WES ile sonuç almamız %85 düzeyindedir.

WES  genellikleklinik veya genetik heterojenite durumunda; yani çeşitli genlerdeki mutasyonların aynı klinik durumu gösterdiği;  nöropatiler, epilepsi ve zihinsel engeller, kas bozuklukları, ataksiler, kardiyomiyopatiler, immün yetmezlikler, cilt hastalıklarında veya  atipik olan fenotipler veya semptomların kombinasyonunu ayırıcı tanıların mümkün kılmayan hastalıklar durumlarında  önerilebilir, sonuç alınamaz ise %99 düzeyinde sonuç veren Tüm Genom Analizi önerilmektedir.

Merkezimiz de TÜM EKZOM SEKANS ANALİZİ olarak CentoXome uygulanmaktadır. CentoXome, Nadir hastalıklar konusunda Avrupa’nın ve Dünya’nın önde gelen laboratuvarlarından biri olan ve merkezi Almanya da bulununa CENTOGENE laboratuvarlarında analiz yapılmakta olup, dünyanın en büyük mutasyon veritabanlarından biri olan CentoMD kullanılarak test sonucu ve klinik raporlama yapılmaktadır.

Merkezimize başvuran hastaların; ayrıntılı klinik bilgileri, daha önce yapılmış tüm testleri ve aile ağacını içeren detaylı bir rapor hazırlanmakta, testler hakkında ayrıntılı bilgi verildikten sonra, onam belgeleri imzalanmakta, akabinde  alınan kan örnekleri   özel kartlara işlenerek tüm bilgiler CENTOPORTAL sistemine girilmektedir. Alınan örnekler özel kartlarla aynı gün Almanya’ya kargolanmaktadır ve yaklaşık bir ay içinde sonuçlar alınmaktadır.

Sonuçlar alındıktan sonra, sonuçların kişiye göre ayrıntılı yorumu yapılarak genetik danışma verilmektedir. Ayrıca takip eden hastanın hekimi ile görüşülmekte karşılıklı olarak hastanın klinik ve moleküler yönü tartışıldıktan sonra, kişinin tanısı netleşmekte ve tedavi yöntemi, hekimi tarafından daha net olarak belirlenmektedir.